Historické obdobie Egypta sa začalo na prelome tretieho a štvrtého tisícročia pred narodením Krista. Staroveká kultúrna tradícia, ktorá prešla vplyvom útočníkov a vnútorných prevratov, trvala až do prijatia kresťanstva v štvrtom storočí nášho letopočtu. Za takmer tri a pol tisíc rokov prešli zoznam a funkcie egyptských bohov významnými zmenami. Egyptskí bohovia získali črty a mená charakteristické pre svojich susedov – Asýrčania, Chetiti, Hyksósovia, Heléni.
Po zjednotení Egypta pod vládu jediného vládcu sa do spoločného panteónu dostalo mnoho bohov jednotlivých oblastí a kmeňov krajiny, no väčšina z nich bola uctievaná len v prostredí, kde vznikol ich kult. Niektorí bohovia postupne nadobudli spoločný egyptský význam. Bohyňa Bastet, ktorá má mačaciu hlavu, nepochybne vyrástla z kultu úcty k mačkám ako strážkyniam zásob obilia z myší. Poľnohospodárstvo hralo v Egypte obrovskú úlohurolu, na rozdiel napríklad od Hellas, ktorá stúpala najmä vďaka obchodu a vojenským výbojom. Antropomorfní egyptskí bohovia boli často obdarení hlavou zvieraťa, na základe uctievania ktorého vznikol ten či onen kult. Napríklad boh Thoth mal hlavu ibisa, bohyňa Sokhmet (Sekhmet) mala hlavu leva, Anubis mal hlavu psa.
Ako sa niektoré oblasti krajiny rozrastali, dochádzalo k zmene dynastií alebo k „presťahovaniu“hlavného mesta na nové miesto, zmenili sa aj egyptskí bohovia „prvej vrstvy“. Zaujímavosťou staroegyptského náboženstva bola prítomnosť veľkého množstva kozmogonických mýtov (teda verzií o vzniku sveta) a v každej lokalite zohralo hlavnú úlohu v tejto neľahkej veci miestne božstvo.
Egyptských bohov v takom veľkom počte, ktorí sa stali základom miestneho separatizmu, nepochybne nepotrebovala ani jedna krajina. Okrem toho si početné kulty vyžadovali vynakladanie veľkého množstva materiálnych prostriedkov, ktoré bolo možné s oveľa väčším prospechom vynaložiť na vnútorné usporiadanie krajiny, na údržbu armády a pod. A keďže mali veľké bohatstvo a vplyv, kňazské klany priamo ohrozovali výlučnú moc faraóna.
Keď vezmeme do úvahy všetky veci, faraón Amenhotep IV., ktorý prijal meno Achnaton, predstavuje kult menšieho regionálneho božstva Atona (zbožšteného slnečného disku) ako bežné egyptské náboženstvo. Ale zotrvačnosť tradície bola príliš silná a Achnaton zomiera skôr, ako dosiahne vek štyridsiatky. Podľa najpresvedčivejšej verzie bolotrávený. Je pravda, že prenasledovanie sa rodiny nedotklo a jeho manželka (slávna Nefertiti) zostala nažive mnoho rokov po smrti svojho manžela.
Po perzskom a neskôr helénskom ovládnutí krajiny začínajú egyptskí bohovia a bohyne postupne strácať svoj bývalý vplyv a upadať. Splývajú s bohmi útočníkov. Napríklad Alexander Veľký bol v Egypte uctievaný ako syn Dia-Amona, synkretického egyptsko-helénistického božstva.
Keď egyptskí bohovia, ktorých mená mali miestny aj zmiešaný pôvod, začali ustupovať novému náboženstvu – kresťanstvu, postupne začalo zabudnutie na staroegyptské písmo. Za vlády cisára Konštantína zomrel posledný nositeľ egyptskej náboženskej tradície, po ktorej boli dlhé stáročia mená staroegyptských bohov známe len zo spisov gréckych a rímskych historikov. Obaja sa však s egyptskou kultúrou zoznámili v čase, keď už upadala, a je nepravdepodobné, že by kňazi zasväcovali cudzincov (často agresívnych) do tajomstiev ich náboženstva.
Arabskí vedci aj Európania sa opakovane pokúšali rozlúštiť staroveké hieroglyfy, no bezvýsledne. A až na začiatku devätnásteho storočia sa brilantnému lingvistovi Francoisovi Champollionovi podarilo nájsť kľúč k rozlúšteniu egyptských textov. Od tej chvíle sa začala moderná éra štúdia histórie a kultúry starovekého Egypta.
